Secara ilmiah, sebenarnya Danau Toba adalah sebuah danau yang terbentuk dari sebuah letusan supervolcano (gunung berapi super) yang terjadi sekitar 75.000 tahun yang lalu. Namun legenda yand dipercaya masyarakat sebagai asal asuk terbentuknya danau toba adalah sebagai berikut:
Dahulu kala, Danau Toba adalah sebuah padang yang sangat gersang dan tandus. Disana tinggallah seorang pemuda yang sangat miskin dan sebatang kara. Untuk menghidupi dirinya, setiap hari dia pergi memancing di sungai hingga suatu hari ia berhasil mendapatkan seekor ikan yang sangat gemuk dan berwarna keemasan. Semula pemuda tersebut sangat girang karena sudah membayangkan bisa makan enak nanti malam. Tetapi ternyata ikan tersebut bisa menangis dan memohon untuk dilepaskan kembali. Akhirnya karena iba, pemuda tersebut melepaskan ikan tersebut ke sungai dan pulang ke rumah.
Keesokan paginya saat bangun tidur, pemuda tersebut sangat terkejut karena melihat seorang gadis cantik yang mengaku sebagai ikan yang ia selamatkan kemarin sedang menata makanan di meja makan untuk si pemuda. Gadis tersebut berjanji untuk memasak makanan yang enak-enak untuk pemuda tersebut sebagai ucapan terima kasih. Akhirnya suatu hari pemuda tersebut melamar si gadis dan si gadis pun menerimanya dengan syarat bila suatu saat mereka mempunyai keturunan, san anak tidak boleh tahu sebenarnya ibunya adalah seekor ikan. Hingga suatu hari mereka mempunyai seorang anak laki-laki yang sangat suka makan. Sejak mempuyai anak tersebut tidak pernah ada makanan tersisa di rumah.
Suatu hari saat sang ayah memangcing, sang ibu menyuruh anaknya untuk mengantarkan bekal kepada ayahnya. Di perjalanan sang anak mengintip isi rantang yang ternyata berisi telur ikan, sambal, dan nasi panas. Si anak pun langsung memakan habis isi rantang tersebut dan memberikan rantang yang telah kosong kepada ayahnya. Melihat rantang yang telah kosong, sang ayah sangat marah dan membanting rantang tersebut sambil mencaci anak tersebut dengan sebutan "anak ikan". Sang anak berlaripulang dan mengadu ke ibunya. Mendengar cerita tersebut sang istri sangat sedih dan perlahan lahan sisik keemasan mulai menutupi tubuhnya, begitu juga dengan tubuh anaknya dan mereka berdua berubah menjadi ikan.
Saat pulang dari memancing, si ayah terkejut melihat anak dan istrinya telah berubah menjadi ikan. Dia menyadari kesalahannya dan memohon supaya anak dan istrinya berubah menjadi manusia kembali. Namun semuanya telah terlambat. Sang ayah sangat sedih dan terus menangis. Tak lama kemudian tanah tempat mereka tinggal telah berubah menjadi danau yang berwarna kebiruan dan terkenal dengan nama Danau Toba. Sang ayah yang terus menangis berubah menjadi sebuah pulau di tengah danau yang dikenal dengan Pulau Samosir.source
